保留其王爵，等朱以海在台州起兵后, 清廷以衡藩子弟叛乱为由，将朱由棷押入北京，与被俘的弘光、投降的潞王等一起软禁在京。

次年鞑子以谋反为名，连杀十六王。

衡王本来在第二批当杀之列，后来鞑子假意议和，便送了弘光、潞王、衡王等数王南下。议和失败后，恼羞成怒的鞑子下令抄斩衡王府，衡藩四散逃命，来不及逃走的被变卖为奴，家产财宝没收，青州衡王府夷为平地。

衡王朱由棷到了江南，朱