他麾下的那些乱七八糟三十六挂印总兵，被文安之全部罢撤，要求解散归农。

紧接着，文安之也把樊一蘅斥责，记过，并将其督标削为三千，其麾下倚重的大将甘良臣贬去提督衔，降为督标总兵。侯天锡、屠龙、马应试，皆贬为副将。

忠勇镇总兵官秦翼明升四川提督，游击马万春升提标参将，兵额三千，驻宜宾。

原石柱总兵马万年改为忠勇镇总兵，兵额三千，驻石柱。

松潘副将朱化龙升为松潘总兵