朝廷赐名归化城。万历九年，再次扩建城池，又修建了一座规模宏伟的外城。

只是在俺答汗和三娘子先后去逝后，不论是左翼三万户还是土默特部，都没有再出过有本事的子孙，也陷入了无休止的内斗中。

天启七年，蒙古正统林丹汗率察哈尔部西征，克归化城，夺银佛寺，崇祯五年，皇太极败林丹汗，追至归化城纵火焚城，唯剩银佛寺。

清军征服察哈尔、土默特后，在归化城废墟上重建城池，改名三娘子城。