父是南朝梁武帝萧衍，父亲名岿，是后梁明帝，萧瑀九岁那年，被封为新安郡王，后隋朝建立，后梁归附。开皇七年，萧瑀随兄长萧琮入隋，他的姐姐就是萧皇后，隋炀帝是他的姐夫。

萧瑀可以说是在隋炀帝的眼前长大，标准的皇亲国戚。但他不是一个纨绔子弟，非常有才干。在隋炀帝时，他就身居高位。但或许是跟出身和与皇帝的关系使然，萧瑀的脾气非常刚烈执拗，而且对帝王也缺少尊重，经常聊着事情就吵了起来。所以在隋炀帝时