白旗（18个牛录），旗主是努尔哈赤的第八子皇太极。

镶白旗（15个牛录），旗主是褚英长子杜度。

黑旗被一分为三：正红旗（25个牛录），旗主是努尔哈赤的次子代善，镶红旗（26个牛录），旗主是代善长子岳托，镶蓝旗（33个牛录），旗主是舒尔哈齐的儿子阿敏，他被皇太极杀掉后旗主改为舒尔哈齐的儿子济尔哈朗。

努尔哈赤自己统帅的黄旗也分为二旗：