后来老东家瓦伦西亚邀他接手，他们的上一任主帅是大名鼎鼎的“补锅匠”拉耶利，于是在2005-06赛季，少帅弗洛雷斯把瓦伦西亚重新打造成一支攻击强悍的队伍。

首赛季他主导俱乐部签下了在萨拉戈萨表现出色的比利亚，瓦伦西亚在他执教下扭转了上赛季的颓势，赛季末排在联赛第三，成功获得欧冠资格。

比利亚该赛季也打进了25球。

第二赛季